针对营改增后出现的一系列税收管理难题，湖北省国地税部门以税政业务为突破口，以《国地税合作规范3.0版》为依托，全面深化国地税合作，针对调研发现的14项亟需双方通力合作解决的问题，联合下发文件进行明确，规范基层税务机关征管服务，最大限度地方便纳税人办税。
一、明确地税代征增值税项目的业务范围。双方依据国家税务总局有关文件规定，对于国税委托地税代征业务，除涉及信息系统改造以及增值税发票使用管理之外的事项，地税机关均延续之前的工作方式，全面负责营改增后纳税人销售其取得的不动产和其他个人出租不动产增值税的纳税申报受理、计税价格评估、税款征收、税收优惠备案、等有关事项，负责办理征缴、退库业务，使用地税机关税收票证，负责收入对账、会计核算、汇总上报等工作，并负责对纳税人的税收违法行为进行调查和处理。
二、明确地税代征增值税项目的政策口径。对于房地产开发企业将自行开发的房地产项目的部分房屋权属登记至本企业名下后，再对外销售的，由地税部门负责征管；纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的建筑物、构筑物和机器设备的补偿收入征收增值税，取得的其他补偿收入免征增值税，土地被收回或征用免征增值税时，随土地收回的建筑物、构筑物不需办理过户手续，由国税部门负责征收；对小微企业纳税人为其代开增值税专用发票，无需办理放弃免税手续。
三、明确营改增后发票开具和缴销的操作办法。对月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的增值税小规模纳税人，当期因代开增值税专用发票已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还；对于湖北省纳税人2016年5月1日前应缴纳的营业税，未开具营业税发票，现在需要开具增值税普通发票的，双方商定由征收营业税的地税机关负责出具证明，再由纳税人自行开具或由纳税人到现主管国税机关开具零税率增值税普通发票。此外，对于网络发票、税控发票的缴销，地税部门将在2016年9月1日前将未缴销网络发票、税控发票明细信息制成清册统一移交国税部门，由后者进行网络发票、税控发票缴销。
四、明确国地税信息互通、联合控管的工作要求。建立营改增行业税负分析信息共享制度，严格按照总局的统一口径，由省级国税部门直接传递给同级地税部门加以应用，并严格保密。在异地经营建安业企业所得税管理问题上，双方采取联合控管的方式，由国税部门在登记完成后即时将报验登记信息传递到地税部门或由地税部门提取，地税部门进行基础信息录入、登记。在增值税征收环节（包括增值税申报预征和征收），外来建安企业总机构直接管理的项目部应向所在地主管税务机关预缴企业所得税。对企业所得税由地税部门管辖的，国税部门应要求纳税人到地税部门缴纳企业所得税后再缴纳增值税。同时，纳税人在《外管证》核销环节应结清企业所得税。并且，国税部门还定期将外来建安企业项目部增值税预征情况传递给地税部门，地税部门对信息进行比对分析，做好后续管理工作。
下一步，湖北国地税还将针对地下建筑部分适用增值税税目、增值税发票上注明车船税税额、印花税委托代征等问题，共同向税务总局请示反映。对个人所得税代征，以及土地增值税预征等问题，双方将根据金税三期上线的运行情况，再协商解决。